به گزارش رسانه مالیاتی ایران، در بخشنامه ابلاغی دکتر محمدهادی سبحانیان رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور خطاب به ادارات کل امور مالیاتی سراسر کشور تصریح شده است: نظریه معاونت حقوقی ریاست جمهوری به شماره ۴۹۸۶۸/۸۵۲۴ مورخ ۱۴۰۲/۰۱/۲۳ در خصوص ابهام مربوط به شمول جریمه موضوع ماده (۱۰۸) قانون امور گمرکی نسبت به مالیات بر ارزش افزوده متعلقه به کالاهای وارداتی برای اطلاع و اجراء ارسال می شود:

1. ماده (۶) قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۴۰۰/۰۳/۰۲) آخرین اراده قانون‏گذار بوده و بر بند ده ماده (۱) قانون امور گمرکی (مصوب ۱۳۹۰/۰۸/۲۲) حاکم می باشد، لذا مأخذ محاسبه مالیات و عوارض واردات کالا، مجموع ارزش گمرکی (موضوع ماده ۱۴ قانون امور گمرکی مصوب ۱۳۹۰/۰۸/۲۲) و حقوق ورودی(حقوق گمرکی و سود بازرگانی) است اما مالیات و عوارض مذکور جزء حقوق ورودی محسوب نمی شود.
2. با عنایت به مفاد بند (۷) ماده (۵۶) قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۴۰۰/۰۳/۰۲) تعریف «حقوق ورودی»، تغییر نموده و تعریف مندرج در بند ده ماده (۱) قانون امور گمرکی (مصوب ۱۳۹۰/۰۸/۲۲) قابلیت اجرا ندارد.
3. بر اساس ماده (۴۶) و تبصره (۲) ماده (۱۷) قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۴۰۰/۰۳/۰۲) وصول مالیات برعهده گمرک می باشد.
4. جرایم مقرر در مواد (۳۵)، (۳۶) و (۳۷) قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۴۰۰/۰۳/۰۲) صرفاً توسط سازمان امور مالیاتی قابل وصول است.
5. با عنایت به ماده (۱۰۸) قانون امور گمرکی (مصوب ۱۳۹۰/۰۸/۲۲) مأخذ محاسبه جریمه حقوق ورودی است و شامل مالیات بر ارزش افزوده نمی شود لذا جریمه مالیات بر ارزش افزوده مشمول بند ب ماده (۳۶) قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۴۰۰/۰۳/۰۲) است.